中心成立之初，面临高层次专业人才严重不足的问题。2014年，在国务院领导重视下，中心高层次人才队伍建设项目启动实施。项目采取双跨的形式，聘请国内外食品安全知名专家作为学科带头人，培育了食源性疾病监测、溯源与预警，风险评估与疾病负担，信息与风险交流，食品安全标准与风险管理，食品中化学危害精准检测与暴露解析，预测微生物学，转化毒理学和应用营养8个专业技术团队，以高层次人才引进为引擎，引领团队建设；以团队建设为依托，促进人才培养和科研创新，全面提升履职能力。
摸索尝试几年后，项目取得了明显成效。截至2019年底，项目培养人选已有1人当选国际食品学院院士、1人担任国际食品添加剂法典委员会主席、4人当选联合国粮农组织和世界卫生组织食品添加剂联合专家委员会专家、3人当选国际食品微生物风险评估专家委员会专家、1人入选国家百千万人才工程、2人获得突出贡献中青年专家荣誉称号、2人享受国务院政府特殊津贴、2人入选北京青年拔尖人才。在“十三五”国家重点研发计划重点专项中获得项目主持7项（其中国际合作2项）、课题主持29项，2019年入选中国医学科学院食品安全创新单元。中心全面履行食品安全标准与监测评估、国民营养计划等核心职责，不断夯实食品安全工作基础。在今年新冠肺炎疫情防控工作中，中心派出领军人才培养人选李凤琴研究员进驻国家卫健委北京疫情防控专家指导组工作，在疫情防控知识宣传、疫源地被污染食品处置、加强食品全链条监管及防控方案或指引制定、食品从业人员防控督导等方面发挥了重要作用。她3次参加北京市委宣传部组织的新闻发布会，对公众关注的问题进行科学解答，再次证明了培养一支专业性、高水平，关键时刻能打大仗、打硬仗、打胜仗的国家队的重要性和紧迫性。
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